Videnskabernes Selskab ledes af et præsidium med præsident og generalsekretær i spidsen. Generalsekretæren, som også er Selskabets kasserer, har ansvaret for sekretariatet, som udfører det daglige arbejde.
Selskabets redaktør, som ligeledes er medlem af præsidiet, er ansvarlig for Selskabets udgivelser. Det praktiske forlagsarbejde varetages af sekretariatet.
 

 
Litografi efter Pilos portræt på Frederiksborg
Johan Ludvig Holstein (1694-1763), Selskabets medstifter og første præsident